Ngoài những ưu đãi về thuế (ưu đãi trong lĩnh vực thương mại hàng hóa), Hiệp định AANZFTA cũng thiết lập một cơ chế hợp tác chặt chẽ nhằm đảm bảo các biện pháp phi thuế quan như cơ chế cấp phép, tiêu chuẩn chất lượng, tiêu chuẩn vệ sinh an toàn thực phẩm sẽ không tạo thành những rào cản thương mại trong khu vực.

Những cam kết này không nằm ngoài mục đích giúp các doanh nghiệp đẩy mạnh xuất khẩu hàng hóa, còn người tiêu dùng sẽ được hưởng lợi từ việc mua hàng giá rẻ do giảm thuế

Một nội dung quan trọng mà ASEAN thống nhất được với Úc và Niu Di Lân là tạo thuận lợi cho dòng luân chuyển hàng hóa thông qua việc áp dụng các điều khoản cụ thể về quy tắc xuất xứ, thủ tục hải quan, các biện pháp SPS, tiêu chuẩn kỹ thuật và thủ tục đánh giá hợp chuẩn. Đây là cam kết rất có ý nghĩa vì Úc và Niu Di Lân nằm trong số các quốc gia có yêu cầu về SPS và tiêu chuẩn kỹ thuật chặt chẽ nhất trên thế giới.

Các thỏa thuận triển khai về quy tắc xuất xứ: Các chuyên gia từ Úc và Niu Di Lân sẽ tổ chức các cuộc hội thảo, hội nghị chuyên đề và các chương trình đào tạo cần thiết, cũng như tổ chức các hoạt động xây dựng năng lực theo yêu cầu về quy tắc xuất xứ. Mặc dù các bên đều có lợi từ hợp tác quy tắc xuất xứ và các khía cạnh khác của việc thực thi các cam kết thuế, song hy vọng các nước ASEAN, với hệ thống kém phát triển hơn sẽ đạt được những lợi ích đáng kể.

Úc và Niu Di Lân hỗ trợ các nước ASEAN: (i) Xây dựng năng lực của các cơ quan trong việc chịu trách nhiệm thực thi chính sách và các thủ tục SPS; (ii) Nâng cao nhận thức của các doanh nghiệp về áp dụng SPS, tuân thủ các nguyên tắc của Chương về SPS và tăng cường hợp tác giữa các cơ quan có thẩm quyền giải quyết các vấn đề quy định trong Chương. Mục đích của việc hỗ trợ là tạo thuận lợi thương mại giữa ASEAN với Úc và Niu Di Lân đồng thời bảo vệ sức khỏe con người, động thực vật trên lãnh thổ của mỗi bên, tăng cường tính minh bạch và hiểu biết về áp dụng các quy định và thủ tục của mỗi bên liên quan đến SPS.

Các hoạt động hợp tác của phía Úc và Niu Di Lân với các nước ASEAN về SPS: Úc tập trung xây dựng năng lực cho các nước ASEAN trong việc áp dụng hiệu quả SPS nhằm tạo thuận lợi cho thương mại đồng thời theo đuổi các mục tiêu an ninh sinh học trên cơ sở khoa học; Niu Di Lân đánh giá tiêu chuẩn y tế (IHS) nhập khẩu cho các mặt hàng nông nghiệp của các nước ASEAN xuất khẩu vào nước này, tập trung nâng cao khả năng cung cấp thông tin cần thiết của các nước ASEAN nhằm thúc đẩy thực hiện các đánh giá rủi ro IHS. Các hoạt động này hiện đang được triển khai, thực tế là hầu hết các chuyên gia thực hiện hoạt động hợp tác đều thuộc các cơ quan chính phủ chịu trách nhiệm về SPS. Các hoạt động được thực hiện trên cơ sở hợp tác giữa các chính phủ, do cơ quan chuyên môn phụ trách. Các nước ASEAN sẽ có tiềm năng đạt được lợi ích từ hợp tác này, với sự hỗ trợ từ phía Úc tập trung vào các nước ASEAN kém phát triển hơn.

Theo Hiệp định AANZFTA, một chương trình hỗ trợ về tiêu chuẩn, quy định kỹ thuật và các thủ tục đánh giá sự phù hợp (STRACAP) sẽ được xây dựng để đạt được các mục tiêu sau: (i) Thúc đẩy thực hiện STRACAP một cách minh bạch thông qua kênh trao đổi thông tin giữa các bên; (ii) Tạo thuận lợi cho hợp tác trong lĩnh vực tiêu chuẩn, quy định kỹ thuật và các thủ tục đánh giá sự phù hợp giữa các bên; (iii) Phân tích điểm mạnh và điểm yếu của hành lang pháp lý và cấp giấy chứng nhận của các nước được lựa chọn và xác định các lĩnh vực cần được phân bổ thêm nguồn lực. Nước tham gia và các thỏa thuận thực hiện: Các chuyên gia của Úc và Niu Di Lân, trong một số trường hợp từ các nước ASEAN, sẽ tổ chức các cuộc hội thảo, hội nghị chuyên đề và các chương trình đào tạo cần thiết cũng như phát triển các hoạt động xây dựng năng lực theo yêu cầu của từng nước ASEAN. Hoạt động hợp tác này đang được triển khai trên thực tế.

Úc và Niu Di Lân cam kết tạo thuận lợi cho đầu tư của các nước ASEAN. Các cơ quan chức năng của hai nước sẽ tích cực giới thiệu cơ hội mới cho các nhà đầu tư ASEAN tiềm năng, xác định và xóa bỏ các rào cản đầu tư mà Hiệp định AANZFTA không giải quyết được. Điều này có thể bao gồm cả hợp tác nhằm tạo thuận lợi cho đầu tư nội khối và phân tích tác động của môi trường pháp lý và xây dựng các chiến lược để cải thiện môi trường đầu tư. Úc và Niu Di Lân sẽ hỗ trợ các nước ASEAN trong việc nghiên cứu môi trường đầu tư, xác định các lĩnh vực đầu tư tại hai nước này và cải thiện môi trường đầu tư trong nước thông qua việc cử các chuyên gia, tổ chức các hội thảo, hội nghị chuyên đề và các khóa đào tạo. Những hỗ trợ này đặc biệt sẽ mang lại lợi ích cho các quốc gia thành viên mới của ASEAN.

Mục tiêu của AANZFTA nhằm hỗ trợ toàn diện cho việc xây dựng hệ thống sở hữu trí tuệ hiệu quả và ổn định trong khu vực AANZFTA. Việc xây dựng cơ chế sở hữu trí tuệ vững chắc trong khu vực ASEAN là cơ sở quan trọng để thúc đẩy thương mại quốc tế thông qua Hiệp định. Nếu quyền sở hữu trí tuệ được bảo vệ một cách nhất quán, các nhà đầu tư và thương nhân sẽ tự tin kinh doanh trong khu vực. Một chương trình hỗ trợ toàn diện sẽ được triển khai để hỗ trợ các nước ASEAN: Tăng cường năng lực phát triển các khuôn khổ và hệ thống sở hữu trí tuệ hiệu quả và ổn định; Tạo thuận lợi cho việc áp dụng hệ thống sở hữu trí tuệ trong khu vực để hội nhập kinh tế; Tăng cường khả năng thực hiện quyền sở hữu trí tuệ; Cải thiện nhận thức của công chúng và doanh nghiệp về lợi ích của những hệ thống quản lý sở hữu trí tuệ hiệu quả và ổn định. Úc và Niu Di Lân hỗ trợ các nước ASEAN đào tạo trực tiếp cho các thanh tra sở hữu trí tuệ và các quan chức chính phủ, thẩm phán sở hữu trí tuệ, các luật sư về chứng nhận sáng chế, các học giả và cộng đồng doanh nghiệp. Đồng thời, tổ chức các chương trình thăm quan học tập, thảo luận chính sách và các hội nghị chuyên đề.

Những ưu đãi phi thuế quan mà các nước ASEAN được hưởng trong Hiệp định AANZFTA (quy tắc xuất xứ, nâng cao năng lực SPS, TBT, đầu tư, sở hữu trí tuệ) giúp những nước này đáp ứng các điều kiện để được hưởng ưu đãi về thuế quan. Vì muốn được hưởng ưu đãi thuế khi xuất khẩu sang Úc và Niu Di Lân thì hàng hóa của các nước ASEAN phải đáp ứng quy tắc xuất xứ, SPS và TBT. Ưu đãi về đầu tư sẽ giúp các nước ASEAN kém phát triển hơn thu hút được đầu tư từ các nước ASEAN phát triển hơn và từ Úc, Niu Di Lân để sản xuất hàng xuất khẩu sang các nước đối tác trong Hiệp định. Như vậy, những ưu đãi phi thuế quan trong AANZFTA đã và đang giúp cho các nước ASEAN tận dụng được ưu đãi thuế trong Hiệp định này.

Việt Nam thuộc nhóm CLMV, nên Việt Nam cùng với Cam-pu-chia, Lào và My-an-ma được hưởng ưu đãi đặc biệt hơn so với nhóm ASEAN-6 (Xin-ga-po, Thái Lan, Ma-lai-xi-a, In-đô-nê-xi-a, Phi-li-pin và Bru-nây). Những ưu đãi mà nhóm CLMV được hưởng: (i) Lộ trình cắt giảm thuế chậm hơn so với ASEAN-6; (ii) Tổng số dòng thuế cắt giảm thấp hơn so với ASEAN-6 (CLMV cắt giảm dưới 90% số dòng thuế, ASEAN-6 trên 90% số dòng thuế, riêng Xin-ga-po là 100%); (iii) CLMV được hưởng ưu đãi phi thuế quan nhiều hơn so với ASEAN-6 vì các nước CLMV có nền kinh tế kém phát triển hơn so với ASEAN-6  nên Úc và Niu Di Lân sẽ hỗ trợ nhiều hơn. Chẳng hạn, các nước ASEAN-6 đã có hệ thống cơ quan quản lý chất lượng đạt chuẩn từ trung ương tới địa phương, có tiêu chuẩn hàng hóa, trong khi đó các nước CLMV chưa xây dựng được tiêu chuẩn cho hàng hóa, chưa có hệ thống các cơ quan quản lý chất lượng đạt chuẩn từ trung ương tới địa phương... nên Úc và Niu Di Lân sẽ hỗ trợ nhiều hơn cho CLMV.