Chính phủ Nhật Bản giữ vai trò quan trọng trong việc xây dựng các kho logistics và coi việc phát triển ngành logistics hiện đại là chiến lược quan trọng để nâng cao vị thế quyền lực quốc gia.

Chính phủ là người đóng vai trò chính trong việc duy trì hoạt động của hệ thống cảng biển quốc gia cũng như đội tàu biển và mọi quyết định về cảng đều do Chính phủ đưa ra. Bằng cách sắp xếp kế hoạch phát triển các bãi kho logistics và các thiết bị, Chính phủ Nhật Bản đã chọn lựa những vị trí thích hợp ở gần các khu liền kề thành phố, bên cạnh các tuyến giao thông nội bộ và các đường giao thông huyết mạch chính nối liền các thành phố lớn để xây dựng các kho vận logistics. Kho chứa hàng được xây dựng ở gần các cảng biển lớn, có hệ thống giao thông vận tải thông suốt với tổng diện tích hơn 800 nghìn mét vuông bề mặt trên khắp nước Nhật. Hệ thống kho bãi cung cấp đa dạng các chức năng dịch vụ như: kho lạnh, kho giữ ấm và hàng loạt các dịch vụ bảo quản thực phẩm, thuốc men… Bằng cách hoàn thiện hệ thống đường xá, nâng cấp hệ thống giao thông vận tải đường sông, biển, giảm tắc nghẽn giao thông đường bộ thành phố và phát triển mạng lưới giao thông vận tải liên kết, chính phủ Nhật Bản ban hành hàng loạt chính sách khuyến khích thích hợp như giảm một số sự điều chỉnh, thành lập những tổ chức liên kết và cung cấp sự trợ giúp chính thức. Chính phủ Nhật Bản thường bán đất với giá thấp để xây dựng các kho vận hậu cần. Do vậy, nhiều công ty tư nhân đã vay tiền ngân hàng để xây dựng các kho bãi hậu cần. Ngoài ra, chính phủ Nhật Bản còn giành một khoản cho vay ưu đãi cho các công ty tư nhân và giúp họ hoàn thiện các kho hậu cần. Chính phủ Nhật Bản đề suất chính sách ủng hộ ngành công nghiệp logistics thông qua việc cung cấp các dịch vụ hiện đại và phù hợp nhằm đáp ứng được xu hướng hậu cần thuê ngoài. Hiện tại, Nhật Bản sở hữu một hệ thống logistics rất qui hoạch trên toàn bộ lãnh thổ. Hệ thống đường cao tốc đã bao trùm lên tất cả 4 đảo lớn của đất nước. Các đường cao tốc này đã xuyên suốt tới tận đảo Honshu, Kyushu ở phía Nam và đảo Hokkaido ở phía Bắc. Tất cả các đảo đều được nối liền bởi các cầu xuyên đại tây dương và các đường hầm xuyên biển. Mạng lưới thông tin bao trùm khắp nơi trên đất nước Nhật Bản. Tính hiệu quả của dịch vụ logistics Nhật Bản đã vượt cả châu Âu, châu Mỹ và trở thành quốc gia cung cấp dịch vụ logistics số 1 trên thế giới.

Hệ thống cơ sở hạ tầng cho sự phát triển logistics gồm các cơ sở hạ tầng giao thông và cơ sở hạ tầng thông tin. Nhật Bản có 128 cảng biển lớn và trung bình cùng hàng nghìn cảng nhỏ, trong đó có 23 cảng quốc tế cỡ lớn và 105 cảng hạng trung. Các cảng được phân bố đều khắp Nhật Bản: vịnh Tokyo, vịnh Oska, vịnh Ise là 3 vịnh chính của Nhật được trang bị thiết bị hiện đại, những cần cẩu lớn.

+ Cảng Tokyo có chiều dài cảng nước là 5.292 ha, diện tích cảng 1.033 ha, đê chắn sóng dài 8.581 m, cầu cảng dài 22.744 m gồm 140 bến tàu. 

+ Hệ thống cảng hàng không: Nhật Bản có 173 sân bay lớn nhỏ phân bố tại hầu hết các vùng trong cả nước. Bốn sân bay quốc tế lớn nhất là Narita, Haneda, Kansai, Chubu. Hệ thống sân bay lớn đã được xây dựng hệ thống kho bãi để có thể chứa và lưu trữ lượng hàng hóa được vận chuyển.

+ Hệ thống đường sông: Nhật Bản có 31 con sông, đường thủy nội địa có vai trò quan trọng trong vận chuyển hàng hóa từ các cảng biển vào sâu trong đất liền bằng tàu thủy nội địa với trọng tải nhỏ.

+ Hệ thống đường bộ: Nhật Bản có khoảng 1.177.278 km đường bộ được hiện đại hóa các vùng miền. Với 23.577 km đường sắt gồm tàu siêu tốc, cao tốc, tàu thường. Hệ thống đường cao tốc bao trùm bốn hòn đảo ở Nhật Bản với đặc điểm tính chính xác, đúng giờ.

+ Hệ thống kho bãi: Nhật Bản có 4 trung tâm kho vận logistics ở Kansai, Hoping Island, Oshima và Adachi. Có hơn 22 bãi kho vận quy mô lớn tại 20 thành phố là vùng tam giác Tokyo, Nagoya, Osaka. Đặc điểm của hệ thống kho bãi là được tập trung xây dựng gần các thành phố lớn và các tuyến giao thông huyết mạch, được cơ giới hóa, trang thiết bị hiện đại. Hàng hóa trong kho được quản lý toàn bộ bằng hệ thống máy tính.

+ Hạ tầng thông tin: sử dụng hệ thống định vị GPS, hệ thống Internet 4G.